山西三水河科技超高压杀菌设备对固态食品和液态食品的处理工艺有所不同：
固态食品如肉、禽、鱼、水果等需装在耐压、无毒、柔韧并能传递压力的软包装内，进行真空密封包装，以避免压力介质混入，然后置于超高压容器中，进行加压处理。超高压处理工艺是升压，保压，卸压三个过程，通常进料、卸料为不连续方式生产。液态食品如果汁、奶、饮料、酒等，一方面可像固态食品一样用容器由压力介质从外围加压处理。也可以直接以被加工食品取代水作为压力介质，但密封性要求严格，处理工艺为升压，动态保压，卸压三个过程，用第二种方法可进行连续方式生产。
超高压杀菌技术多数生物经100MPa以上加压处理即会死亡。一般情况下，寄生虫的杀灭和其他生物体相近，要低压处理即可杀死，病毒在稍低的压力即可杀死，细菌、霉菌、酵母的营养体在300-400MPa压力下可被杀死，而芽孢杆菌属和梭状芽孢杆菌属的芽孢对压力比其营养体具有较强的抵抗力，需要更高的压力才会被杀灭。压力处理的时间与压力成反比：压力越高，则处理所需时间越短。另外，超高压杀菌的效果还受温度、食品的组分的影响。
