超高压杀菌技术最适合果汁饮料、浓缩果汁和果酱的那个液态或者半固态食品的杀菌。超高压处理的新鲜果汁，其颜色、风味、营养成分和未经超高压处理的新鲜果汁几乎无任何差别。
引起酸性果汁饮料腐败变质的菌主要是酵母菌、霉菌和部分腐败细菌,而耐热性强的芽孢菌在此酸性条件下无法生长繁殖, 因此采用超高压杀菌最为合适, 在 400MPa下加压10min, pH 在4以下的果汁即可到达商业无菌状态, 在室温下放置几个月甚至一年半无任何微生物引起的腐败变质现象。
刘长姣（2006）等在五味子饮料加工中采用压力为400MPa，保压时间为5min杀菌，研究结果表明，经超高压杀菌的饮料复合GB2759-81规定。一般酸性饮料中,引起饮料腐败变质的主要菌是酵母菌、霉菌等腐败细菌。根据FDA的报告,这些细菌在300～400 MPa的压力下处理10 min左右即可被杀死。寄生虫、病毒在低压处理即可失活。酸性饮料中芽孢菌不会生长繁殖,即对于五味子饮料(pH=3.15)来说不存在芽孢菌灭活问题,所以在300～400MPa的压力条件下足可以使五味子饮料中的致腐败菌与有害菌灭活。
赵玉生（2006）等在猕猴桃汁的超高也杀菌效果中探讨了热敏性纯猕猴桃汁在超高压处理过程中, 存在的菌落总数和大肠菌群数随压强大小和加压时间变化的关系。试验结果表明, 在常温下猕猴桃汁中的大肠菌群对压强的敏感性高于菌落总数。压强400MPa保压15min时, 大肠菌群可全部杀灭, 而菌落总数也可降至35cfu/mL, 符合国家食品卫生标准的要求。
小川浩史（2003）等将柑桔类果汁( pH2.5～3.7) 经 100～600MPa、5～10min 加压杀菌, 研究结果表明: 细菌、酵母菌和霉菌总数均随压力增大而减少, 酵母菌、霉菌和无芽孢细菌可以被完全杀死, 但仍有棒杆菌、枯草杆菌等能形成耐热性强的芽孢而有残留; 但如果加压至 600MPa 再结合适当的低温加热( 47～57℃) , 则可以完全杀菌。
类似上述的大量研究表明，超高压对果汁中的微生物起到灭活作用，在不同的压力及保压时间下达到杀菌效果，可延长果蔬汁饮料的货架期
